Der Motettenchor-Herzogenburg wurde im September 1970 von Harald Servus gegründet. Sein erster öffentlicher Auftritt fand im Dezember 1971 statt.

1973 übernahm der junge Chor auch die Funktion des Kirchenchores, dessen vordringlichste Aufgabe die musikalische Gestaltung der Hochämter und Festgottesdienste in der Stiftskirche war und ist. Dabei bilden die lateinischen Orchestermessen der Klassiker Haydn, Mozart und Schubert den Kern des Repertoires. Neben Messen von Palestrina, Fux, Caldara, Bruckner und anderen wurden in den letzten Jahren Werke von G. J. Donberger, J.A. Scheibl und J. Krottendorfer wieder entdeckt, Komponisten, die im 18. Jahrhundert in Herzogenburg und St. Pölten tätig waren.

Von 1990 bis 2023 leitete Otto Schandl den Chor. Zu den Höhepunkten seiner Chortätigkeit zählten neben den liturgischen Aufgaben Konzerte im Festsaal des Stiftes und in der Stiftskirche, zum Beispiel ein Barockkonzert 1985, ein Mozart-Konzert 1991, ein Festkonzert zum 25-Jahr-Jubiläum des Chores 1996 und ein weiteres zum 75jährigem Stadtjubiläum von Herzogenburg 2002 mit der Aufführung des „Herbst“ aus Haydns „Jahreszeiten“.  Eine besondere Herausforderung war die Einstudierung von Händels Oratorium „Messiah“, das in Zusammenarbeit mit Marcus Hufnagls „capella incognita“ im Juni 2006 aufgeführt wurde. Damit begann eine Serie von Oratorienkonzerten, die im Haydn-Jahr 2009 mit dessen „Jahreszeiten“ und zum 900-Jahr-Jubiläum des Stiftes 2012 mit der „Schöpfung“ fortgesetzt wurde. Im Oktober 2015 gestaltete der Motettenchor eine „Abendmusik zu Allerheiligen“ mit Johannes Brahms‘ „Ein deutsches Requiem“ und der „St. Christophorus-Messe“ von Ernst Schandl. Zu diesen Projekten lud der Chor befreundete Sängerinnen und Sänger als Gäste ein und diese folgten dieser Einladung in wachsender Zahl.

Weiterer Höhepunkt dieser Serie war die Aufführung der „Carmina burana“ von Carl Orff im Meierhof des Stiftes in einer öffentlichen Generalprobe und zwei Konzerten, allesamt ausverkauft. Dabei wirkten im Chor, in den Kinderchören aus Volksschule und Musikmittelschule und im jungen Orchester insgesamt fast 230 Akteure mit.
Für das Jubiläumsjahr 2021 war die Aufführung von Felix Mendelssohn-Bartholdys Oratorium „Elias“ geplant, diese fand (bedingt durch die Pandemie) 2022 statt. Namhafte Solisten, ein engagiertes Orchester und ein mit Gästen verstärkter Chor konnten die zahlreich erschienenen Zuhörer in der ausverkauften Stiftskirche davon überzeugen, dass auch schwierige Werke für begeisterungsfähige Amateure bewältigbar sind.

Stefan Zenkl übernahm im Rahmen des Adventskonzertes 2023 den Motettenchor, der derzeit aus etwa 40 Mitgliedern besteht. Diese sind in den verschiedensten Berufen tätig und widmen einen Teil ihrer Freizeit dem Chorsingen. Unterstützt wird der Chor von den Stiftsorganisten Johannes Zimmerl und Felix Deinhofer sowie von zahlreichen Musikern & Solisten aus Herzogenburg & Umgebung.

Seit 1972 gestaltet der Motettenchor jedes Jahr ein Adventkonzert, in dessen Rahmen sowohl anspruchsvolle Kantaten- und Motettenliteratur als auch weihnachtliches Liedgut aus Österreich und anderen Teilen der Welt zu hören sind.

Eine wichtige Rolle bei der Pflege der Chor-Gemeinschaft spielen die Ausflüge und Chorreisen, die sich auch in das benachbarte Ausland (Tschechien, Bayern, Slowenien) erstreckten. Die Geselligkeit kommt auch sonst nicht zu kurz: Manches Gläschen nach einer Chorprobe oder einem Konzert bieten Gelegenheit zu heiteren oder ernsten Gesprächen unter den engagierten Chormitgliedern.

Jedes Jahr bestreitet der Motettenchor rund zehn Auftritte. Das erfordert viele Stunden konzentrierter Probentätigkeit, die die Sängerinnen und Sänger dem Chorgesang widmen – zur Ehre Gottes und zur Freude der Zuhörer.